PubMed y redes sociales

Las redes sociales han venido ya hace tiempo para quedarse. Al menos en el campo de las Ciencias de la Salud en general, y en el terreno de las búsquedas bibliográficas muy en particular.

Visto en Twitter, vía "El Blog de Saludteca":

PubMed permite ya compartir los artículos en Facebook, Twitter y Google+ http://t.co/VctA7ADCcJ

— Saludteca (@Saludteca) julio 11, 2014

...Y así es. Si hacemos cualquier búsqueda de prueba, por ejemplo con el descriptor "Asthma/drugtherapy" y clicamos en una referencia cualquiera vemos al pie los iconos de Twitter, Facebook y Google +:

Y acabando la comprobación, tuiteamos esta referencia...

Influence of mediterranean diet on asthma symptoms,... [J Asthma. 2013] - PubMed - NCBI http://t.co/C2hDZdBN5F

— Cristobal Buñuel (@Pediatria) julio 11, 2014

... constatando que funciona perfectamente. 

En resumen: un pequeño añadido que va a multiplicar exponencialmente el ya de por sí enorme impacto de PubMed. Enhorabuena... y ya era hora.

¿Qué intervenciones funcionan en los pacientes? Consulta PubMed Health

PubMed sigue ofreciendo novedades periódicamente. Y la última es el lanzamiento del buscador PubMed Health.

El objetivo de PubMed Health es muy ambicioso. Ni más ni menos que identificar aquellas revisiones sistemáticas de ensayos clínicos cuyos resultados son importantes para el paciente. Se intenta responder así a la pregunta "What works?", entendiendo "working" como "un beneficio real para la salud - como el alivio de los síntomas, una recuperación más rápida, o una vida más larga. Para saber si algo funciona de verdad, todos los importantes efectos deben ser estudiados. Esto implica los posibles daños, así como los posibles beneficios".

Para ello, contribuyen a dotar de contenidos a PubMed Health, de momento, los siguientes recursos (con revisiones sistemáticas publicadas después de 2003):

• Agency for Health Care Research and Quality (AHRQ)
• The Cochrane Collaboration (CC)
• German Institute for Quality and Efficiency in Health Care (IQWiG)
• National Institute for Health and Clinical Excellence guidelines program (NICE)
• Oregon Health and Science University's Drug Effectiveness Review Project (DERP)
• Department of Veterans Affairs' Evidence-based Synthesis Program from the Veterans Health Administration R&D (VA ESP)

Cada búsqueda realizada en PubMed Health se complementa con un rastreo adicional de revisiones sistemáticas en PubMed añadiendo, a cada término de búsqueda, el término systematic[sb]. La información se devuele en diversos formatos: texto íntegro del artículo (si está disponible), resumen ejecutivo, información para consumidores y guías clínicas.

Como siempre, para comprobar si PubMed Health nos ofrece lo que promete, lo mejor es probar este nuevo recurso. Así que, señoras y señores, pasen y busquen.

Talleres de PubMed en el 60 Congreso de la Asociación Española de Pediatría

Casi, casi recién llegado del 60 Congreso de la Asociación Española de Pediatría celebrado en Valladolid, aún no me he podido sacudir de encima el cansancio de estos tres agotadores días. Una de las actividades ya casi institucionalizadas en este Congreso es el taller de manejo de PubMed. Se trata de un taller básico. Es decir, para que quien no sabe nada "le pierda el miedo" a realizar búsquedas en esta ya megabase de datos de referencias bibliográficas (más de 20 millones en la actualidad y subiendo exponencialmente).

Hemos intentado dar siempre a estos talleres una orientación eminentemente práctica, siendo los alumnos los auténticos protagonistas. Este año hemos tenido la inmensa alegría de que la mayoría de los asistentes eran residentes. Y es que la adquisición de habilidades en búsquedas bibliográficas es tan importante como otras habilidades más "clínicas" (aprender a auscultar, a hacer una punción lumbar...). Aprender a buscar artículos (y a valorarlos críticamente, un aspecto que no formaba parte de estos talleres, centrados en los pasos uno y dos de la MBE - hacer preguntas clínicas y realizar búsquedas) es fundamental para cualquier médico pero la época donde debe adquirirse esta habilidad es durante el MIR.

Os dejamos las dos presentaciones del taller, muy cortas porque insisto en que su orientación era eminentemente práctica, trabajando con PubMed en vivo y en directo en un aula informática y con un ordenador por asistente. Esperamos que os sean útiles.

Cómo elaborar preguntas clínicas:

Como elaborar preguntas clinicas

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Utilización de la opción "Mesh Database" de PubMed:

Opción Mesh Database de PubMed

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Formación e información en Pediatría. Fuentes de información (III). Bases de datos internacionales

En este trabajo se describen tres bases de datos internacionales en Ciencias de la Salud relevantes: MEDLINE, EMBASE y LILACS.

La base de datos bibliográfica MEDLINE, producida por la National Library of Medicine de los Estados Unidos, contiene más de 20 millones de referencias desde 1948, con una cobertura que supera las 5.400 revistas internacionales e incrementos mensuales de más de 30.000 nuevas referencias. El portal de acceso gratuito PubMed, creado en 1997, proporciona acceso a MEDLINE y a revistas científicas de carácter general, ciencias de la vida y libros. Entre las ventajas de PubMed deben destacarse: su actualización permanente que permite consultar registros muy recientes; el acceso al texto completo gratuito de numerosas revistas; los enlaces a artículos relacionados; la posibilidad de establecer numerosos límites a la búsqueda; los servicios de valor añadido, como las búsquedas con el tesauro MeSH Database, el asistente de búsquedas clínicas, los servicios de alerta informativa y sindicación de contenidos y la base de datos de revistas, entre otros.
Casi todos los profesionales de la sanidad conocen y utilizan PubMed, pero pocos realizan un uso eficiente de todos sus recursos de búsqueda y de todas sus posibilidades de recuperación de información. En este texto se profundiza en algunos puntos de interés.

Al Gore, vicepresidente de los Estados Unidos durante el gobierno de Bill Clinton, es a quien se atribuye el término “autopistas de la información”, pues promovió su desarrollo al considerarlas necesarias tanto para el crecimiento económico como para el progreso de las investigaciones y la mejora de los sistemas educativos. Y también fue quien permitió el acceso libre y gratuito a PubMed, lo que se ha considerado como uno de los grandes hitos de la información biomédica en los últimos 15 años. De hecho, esta gratuidad (que reclamamos de nuevo para todas las bases de datos y revistas) es lo que hace que su gran competidora, EMBASE, apenas sea utilizada. EMBASE corresponde al repertorio bibliográfico impreso Excerpta Medica, editado desde 1947 y producido en Ámsterdam (Holanda). Su cobertura es muy amplia en Ciencias de la Salud, siendo especialmente fuerte la presencia de la investigación farmacológica. Incluye más de 7.500 revistas científicas de unos 70 países. También contiene monografías, tesis y más de 260.000 resúmenes procedentes de casi 800 congresos. Actualmente contiene más de 23 millones de registros. Se estima que la concordancia entre PubMed y EMBASE es de aproximadamente sólo un tercio de las revistas. Por tanto, una conclusión es clara: una buena revisión bibliográfica debe incluir ambos repertorios.

LILACS (Literatura Latinoamericana y del Caribe en Ciencias de la Salud) es una base de datos producida por BIREME (Centro Latinoamericano y del Caribe de Información en Ciencias de la Salud), que incluye literatura científica en Ciencias de la Salud publicada en estos países (actualmente 36) desde 1982. Junto a los artículos procedentes de alrededor de 850 revistas, incluye también referencias de tesis, capítulos de libro, actas de congresos, informes científico-técnicos y publicaciones gubernamentales.

El tesauro o lenguaje controlado utilizado por cada uno de ellos es diferente: MeSH en MEDLINE, EMTREE en EMBASE y DeCS en LILACS. Más conceptos en el artículo adjunto.

Formacion e informacion (iii) bases extranjeras

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PubMed, más fácil todavía: simplificación de la opción "Clinical Queries"

A mi me sigue gustando más realizar las búsquedas en PubMed a través de la opción "Mesh Database", pero también es cierto que a veces uno no tiene tiempo de entretenerse y quiere rapidez en la obtención de resultados.

Para ello siempre existió la opción "Clinical Queries", que permitía buscar por aspecto de la práctica clínica (tratamiento, diagnóstico, pronóstico, etiología, reglas de predicción clínica), con la opción adicional de hacer la búsqueda más sensible (se recuperan muchos artículos pero bastantes tienen poca o nula relación con el tema buscado) o específica (se recuperan menos resultados, la inmensa mayoría relacionados con el tema de la búsqueda, pero asumiendo el riesgo de que algún artículo relevante puede no ser recuperado).

Además, aparte, se podían buscar revisiones sitemáticas. Con limitaciones, pues da muchos "falsos positivos": además de revisiones sistemáticas esta opción devolvía (y en la nueva interfaz sigue devolviendo) artículos que no lo son: revisiones narrativas, consensos, opiniones de expertos... Es decir, esta opción da muchos "falsos positivos". Hay que saberlo y tenerlo en cuenta.

Pues bien, todo eso ha quedado simplificado aún más con la nueva interfaz. Se puede seguir buscando según aspecto de la práctica clínica, se pueden buscar revisiones sitemáticas e incluso estudios sobre genética pero todo de una vez. Basta con rellenar en la ventana superior nuestro tema de búsqueda, darle al botón "Search" y obtendremos los cinco primeros artículos distribuidos en tres columnas. Con la opción, claro está, de visualizar el resto. Fijaos en la imagen inferior.

Os invito a que probeis esta opción actualizada... aunque yo seguiré buscando a través del Mesh Database :-)

PubMed: un gran recurso… si se utiliza bien

Al menos 9 entradas en nuestro blog han tratado ya diversos aspectos de PubMed. Sin duda, el tema merece la pena: es la base de datos bibliográfica más conocida y utilizada. La duda que surge es si utilizamos bien todos sus recursos y se le saca todo el rendimiento que atesora. Cualquier esfuerzo en este sentido es bienvenido.

Dos hechos se han acumulado en estos días que nos ayudarán en esta labor de utilizar mejor PubMed:
- Por un lado, los talleres de búsqueda bibliográfica desarrollados por María García-Puente en el curso de “Iniciación a la investigación en Medicina” del Hospital General Universitario de Alicante y cuya presentación podemos visualizar desde su blog
- Por otro, la publicación en Seminarios de la Sociedad Española de Reumatología de un artículo muy práctico sobre el manejo PubMed.
Dos recursos muy recomendables, que se vienen a sumar a los ya realizados por nuestro Grupo de Trabajo de Pediatría Basada en la Evidencia en ese sentido y que se continuará en el próximo Congreso de la Asociación Española de Pediatría, con dos talleres sobre Manejo de PubMed.

Aunque quizás repetitivo, el tema sigue siendo prioritario, tal como se deduce de una encuesta realizada a 61 residentes de 4º año de Pediatría en el año 2008 y en la que se constató que PubMed era la fuente inicial más utilizada en la búsqueda de información (en el 66% de los casos), seguida de Google (31%) y sólo un 3% referían utilizar otras bases de datos. Ahora bien, de los que utilizaban con asiduidad PubMed, 2 de cada 3 reconocían la utilidad de los términos Mesh, pero la utilidad de Clinica Queries sólo 1 de cada 7. Hemos repetido esta encuesta a 70 residentes de 4º año de Pediatría en el año 2009 y a 70 más en el año 2010 y los porcentajes se repiten (datos no publicados).

PubMed es un gran recurso… sobre todo cuando se utiliza bien.

Viajando en el tiempo: PubMed, desde 1947

PubMed sigue aumentando el número de referencias bibliográficas de artículos que contiene. Y no sólo lo está haciendo incorporando las referencias más actuales; sus responsables están viajando en el tiempo hacia atrás. Y PubMed incorpora, desde este año, referencias bibliográficas de estudios publicados desde 1947. Es decir, apenas dos años después de la finalización de la II Guerra Mundial.

De esta noticia nos hemos enterado, como cada vez nos sucede con más frecuencia, vía Twitter, a través de la cuenta http://twitter.com/laurissagann (¿aún no tenéis cuenta en Twitter?). A través de esta cuenta, de una documentalista de Houston (Texas), accedemos al boletín de la National Library of Medicine, donde se amplía la noticia:

"With the addition of the 1947 citations, the MEDLINE/PubMed subset now contains over 20 million citations produced during 63 years of indexing of the biomedical literature".

¿Pararán aquí o en la National Library of Medicine seguirán su viaje al pasado? En cualquier caso, es una excelente noticia. Y que nos permitirá a todos tener una visión más completa de la evolución de la investigación biomédica en estos 63 años.

Cómo optimizar las búsquedas bibliográficas en Internet

El título de esta presentación es demasiado ambicioso, es cierto. Es el título de una ponencia presentada por mi en la 24 Jornada de Pediatría Ambulatoria, organizada por el Departament de Pediatria del Institut Universitari Dexeus el pasado día 27 de febrero.

El doctor Gairí, quien tuvo la amabilidad de invitarme, me planteó que la ponencia fuese práctica: presentación de casos clínicos y búsqueda de respuestas. Los casos y preguntas planteadas son suyos. Y yo intenté responderlas.

Lo que aquí os dejo fue lo que en la Jornada proyecté, detallando en cada caso la estrategia de búsqueda seguida. Intenté simplificar al máximo las mismas, para "animar" a que todos aquellos colegas que aún no se atreven a buscar información médica de calidad en Internet pierdan el miedo de una vez por todas. Espero que os resulte útil.

Buscar en Internet Dexeus 2010

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Haciendo más fácil aún el uso de PubMed: guías de Fisterra

Ya se ha hablado en este blog en numerosas ocasiones de PubMed y hemos insertado algún "minitutorial" para usar algunas opciones básicas.

Una guía más completa y fácilmente entendible nos la proporcionan Carlos González-Guitian y María Sobrido, documentalistas ambos de la Biblioteca del Complexo Hospitalario Universitario de A Coruña. Las guías están disponibles en el portal de Fisterra.

Buscar en Medline con Pubmed: guía de uso en español (PDF)
http://www.fisterra.com/recursos_web/no_explor/pubmed/091113_Guia_PubMed.pdf

Buscar en Medline con Pubmed: guía de uso en español (html)
http://www.fisterra.com/recursos_web/no_explor/pubmed.asp

Sencillo y fácil. PubMed al alcance de todo aquel que desee aprender su funcionamiento.

Personalización de la base de datos PubMed (por Ángel Mones)

Hace unos días comentábamos que lo bueno de estar en Twitter es que te enteras de cosas interesantes. Puedes seguir, por ejemplo, a expertos en documentación biomédica.

Uno de ellos es Ángel Mones, del Hospital Álvarez Buylla, de Mieres (Asturias). Ha elaborado un tutorial, colgado en Slideshare, sobre la personalización de la base de datos PubMed usando la opción "My NCBI". Sencillo y clarificador.

Muy recomendable consultar otras presentaciones de Ángel Mones en http://www.slideshare.net/angelmones

PubMed  My Ncbi

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Tutorial básico del nuevo PubMed

Este tutorial no es exhaustivo ni lo pretende. No somos documentalistas sino pediatras asistenciales. PubMed ha cambiado y con él, al menos parcialmente, la forma de recuperar la información.

Las principales diferencias aparecen una vez los resultados se visualizan.

Esperamos que os sea útil.

Tutorial básico de PubMed

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PubMed se actualiza y simplifica

Aquellos que tengais costumbre de realizar búsquedas en PubMed ya habreis advertido desde hace unos días la presencia del logotipo que figura sobre estas líneas.

La interfaz que actualmente conocemos, al parecer, cambiará próximamente por esta otra:
Si hacemos clic sobre "advanced search" obetenemos esta otra pantalla:



Básicamente, la nueva interfaz intenta "descomplicar" las búsquedas y, efectivamente, lo consigue. De todos modos, es de agradecer que las opciones clásicas, como MeSH Database, permanezcan. Dicha opción permite realizar búsquedas más específicas mediante el uso de términos descriptores afinando mejor, de esta manera, las estrategias de recuperación de referencias bibliográficas.

Se le ha acusado a esta nueva versión de PubMed de haberse "googlelizado" (y perdón por la palabra). Realmente, algo hay de cierto en ello. Pero si de este modo se consigue que más profesionales sanitarios le pierdan el miedo a emplear PubMed, no hay mal que por bien no venga.

De todos modos, los que estamos acostumbrados al MeSH Database, seguiremos utilizándolo para nuestras búsquedas en PubMed.

Cómo crear preguntas clínicas y buscar respuestas en PubMed

Desde hace diez años el Grupo de Trabajo de Pediatría Basada en la Evidencia realiza talleres de búsquedas bibliográficas y de lectura crítica en Congresos y Reuniones científicas que los demandan, así como también a nivel "local": talleres para residentes, para colegas de atención primaria u hospitalaria que los solicitan...

Aquí ponemos a disposición algunas de las presentaciones que solemos emplear con objeto de que puedan ser de utilidad a todo el que se pase por este blog.

Cómo elaborar una pregunta clínica:

Medicina Basada En La Evidencia Como Construir Preguntas Clinicas

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Cómo efectuar una búsqueda bibliográfica en PubMed con Mesh Database:

La presentación que se adjunta corresponde a una versión previa de PubMed, pero los pasos a seguir que se describen están plenamente vigentes en el PubMed actual. De todos modos, la presentación que se adjunta (y que intenta responder al escenario clínico previo descrito en la presentación "Cómo elaborar una pregunta clínica") será actualizada en los próximos días.

Comenzad por la primera presentación y seguid con esta otra:

Medicina Basada En La Evidencia Busqueda En Pub Med Con La Opcion Mesh Database

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Pubget: otra forma (más) de buscar en PubMed

Si hace algunas entradas hablábamos de Info|seek, hoy lo hacemos de un recurso similar: Pubget.

Qué ofrece Pubget: acceso inmediato y rápido a los pdfs de los artículos si estos se encuentran en libre acceso, ahorrando muchos incómodos y repetidos clics como sucede en el PubMed tradicional.

Permite, así mismo, realizar búsquedas avanzadas seleccionando por año, volumen, número autor, etc.

En su "nanoblog" en Twitter Pubget añade un sistema de alertas bibliográficas avisando de la salida de nuevos números de las revistas que rastrea, que son las mismas que PubMed.

Un nuevo recurso a tener en cuenta para nuestras búsquedas.

Interfaz de PubMed para preguntas clínicas

Hay múltiples formas de buscar en PubMed. Una de ellas, dirigida directamente a responder preguntas clínicas que siguen la estructura PICO (Paciente o Problema de interés - Intervención - Comparación - "Outcome" o resultado, en español), es particularmente sencilla de utilizar y quizá no todo lo conocida que debiera ser.

Esta opción, llamada PubMed/MEDLINE via PICO, es particularmente intuitiva para el médico atareado y que quiera encontrar una respuesta a una pregunta clínica utilizando esta base de datos. Basta con rellenar - en inglés, eso sí - cada casilla con los términos de interés. Puede restringirse la búsqueda por tramos de edad (especialmente importante para los pediatras) y por tipo de publicación.

La búsqueda a través de PubMed tiene, eso sí, las limitaciones inherentes a toda búsqueda realizada en una base de datos de referencias bibliográficas de revistas primarias: el o los artículos que se consideren de interés deben ser sometidos a una lectura crítica cuidadosa. A la hora de buscar respuestas a preguntas clínicas, es recomendable comenzar por bases de datos secundarias o metabuscadores que recuperen información de estas fuentes secundarias de información ya filtrada. De ello hablaremos otro día.